虽然现在公益性市场受到了中央领导及中央文件的重视，却面临着很实际的问题，第一，公益性市场的界定问题，是针对农产品批发市场这个行业还是只针对其中的一些市场企业？假定是整个行业的公益性，那么全国4000多个批发市场，每一个批发市场都应享受政府针对公益性所提出的优惠政策，政策一刀切并有普惠性。如此下来，公益性市场这项工程是浩大的，所投入的金钱和精力巨大。反之，如果只是针对其中一些市场企业进行公益性改造，那么公益性市场和非公益性市场又是何种关系？公益性市场是在政府的扶持下建设并发展起来的，享受了所有政府给予的优惠政策，而非公益性市场则完全没有享受政府所给的优惠政策，在市场经济下的活动中二者之间是否能平等竞争？这些都是具体操作中非常现实的问题。第二，界定了行业或市场的公益性，要明确行业或者市场应该重点做什么，明确保供应、稳价格、保障食品安全、提高流通效率等公益性职责。第三，确定公益性由谁来承担,政府支持的资金能不能让市场发挥作用？完全靠市场社会道德责任是不现实的,建议政府给予政策和资金支持成立两级(全国和省级) 公益性农批市场投资控股管理公司,承担政府投资责任,作为政策抓手。第四，要深入研究公益性从哪些方面体现?

    农批市场应借鉴巴黎伦吉斯市场等欧美批发市场的发展经验，在完善各项基本功能基础上，引进物流、信息平台、安全检查、贸易等功能,提供各种服务,变成大的经销商的孵化器。第五，市场在实行公益性后的生存问题也不能忽视，而完全由市场组织流通,稳定价格,保障安全,政府责任又怎么体现也是一个有待深入探讨的问题。